中国科学院上海免疫与感染研究所（以下简称研究所）原名中国科学院上海巴斯德研究所，成立于2004年10月11日，是中国科学院直属事业单位。
研究所致力于重大感染性和传染性疾病基础与应用基础研究，创新发展病原学、流行病学、免疫学和疫苗学理论，突破感染性和传染性疾病免疫防治等关键核心技术，推动新发再发传染病研究国际合作，为全球公共健康提供创新理论、策略和解决方案。主要科研方向有：
重要病原与宿主互作的机理及应对策略：围绕呼吸道、消化道、体液、媒介等途径传播的重要病原，阐明病原致病性、宿主易感性以及免疫应答的分子生物学与细胞生物学基础，揭示病原在宿主体内建立急、慢性感染的关键机理, 探索感染预防和临床干预的措施。
重要病原发现、溯源及传播机制：围绕病原发现、监测、预警中的关键科学问题，开展病原分离、鉴定、溯源、进化与跨种传播机制的研究，支撑重大传染病的全球监测与预警。
传染病防治技术创新与产品研发：聚焦传染病防治药物研发、疫苗创制、免疫诊治的前沿技术，重点创新抗体药物和新型疫苗研发及制备技术；建立疫苗和抗体研发及评估的实验平台，完善防治技术与产品创新链。
传染病与人体微生物组：研究全生命周期中，人体共生微生物与宿主的共进化规律和调节宿主生理、病理的机制，揭示人体共生微生物在病原感染与致病过程中的微生态影响，及其在免疫响应中的作用，并发展相应的检测诊断技术和干预策略。
研究所设有中国科学院分子病毒与免疫重点实验室，微生物、发育与健康研究中心等学术单元。截至2023年6月30日，有研究组29个。设有生物学博士后流动站1个。设有生物学、基础医学2个专业一级学科博士和硕士研究生培养点。
截至2023年12月31日，研究所共有在职职工141人，在站博士后21人。其中正高级专业技术岗位28人，副高级专业技术岗位20人；在学研究生232人，其中中国科学院大学学籍189人（博士101人、硕士88人），联培生43人。
